Pondok pesantren Muhammadiyah Boarding School atau yang lebih dikenal dengan MBS untuk pertama kali berdiri di pinggiran timur Kabupaten di Desa Bokoharjo Kecamatan Prambanan. Sejarah awal pendirian MBS tidak terlepas dari adanya keprihatinan para kader muda Muhammadiyah yang merasakan betapa minimnya generasi kader persyarikatan diwilayah Prambanan dan sekitarnya. Sekolah – sekolah Muhammadiyah yang ada belum bisa menjadi jawaban akan kurangnya kader.
